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病毒纯化和蛋白质纯化都是生物制剂工程中常见的分离纯化方法，但它们的对象不同，具体区别如下：

1.病毒纯化与蛋白质纯化对象不同。病毒纯化的目标是将病毒从其它生物物质中进行分离和去除，以获得单个且纯净的病毒颗粒，如用于疫苗生产的病毒载体，而蛋白质纯化的目标是从生物体或来源中提取和纯化单一或多种蛋白质，如酶、蚕丝素和饮料中的植物蛋白等。

2.病毒纯化需要不同的处理方式。病毒由于结构上的特殊性，需要经过多种方式进行提取和纯化，通常采用的是离心、超滤、沉淀、分层、纯化和表征等方法。而蛋白质纯化通常采用的是色谱层析、电泳、沉淀和凝胶等特定的分离方法。

3.纯化手段不同。由于病毒粒子小而复杂，因此用于纯化病毒的方法通常需要采用多种手段，如超离心、离心、过滤和分层等。而蛋白质纯化的方法也是不同的，例如，利用离子交换和亲和色谱等方法将目标蛋白质分离和纯化出来。

4.纯度或杂质的标准不同。病毒纯化需要获得极j高的纯度水平，以确保病毒质量和感染性，而对于蛋白质纯化，可以根据其具体应用来标准纯度水平。因此，在提取和纯化病毒时，要求其完w全纯净，而在纯化蛋白质时，这种要求可以更灵活。