1.超滤超滤是利用压力或离心力，使小分子溶质和溶剂穿过一定孔径的特制的薄膜而使大分子溶质不能透过，留在膜的一边，从而使大分子物质得到了部分的纯化，根据蛋白质分子大小的不同而选择不同分子量的膜上，以达到浓缩和脱盐的目的，从而使蛋白质得到分离。
2.盐析法
盐析一般是指溶液中加入无机盐类，蛋白质在低盐浓度下的溶解度随着盐溶液浓度升高而增加，当盐浓度不断上升时，蛋白质的溶解度又以不同程度下降并先后析出，此称盐析，从而达到分离纯化的效果。一般粗抽提物常用该法进行粗分。
3.有机溶剂沉淀法
利用不同蛋白质在不同浓度的有机溶剂中的溶解度差异而分离的方法即为有机溶剂沉淀法。有机溶剂能降低溶液的介电常数，削弱溶剂分子与蛋白分子间的作用力，从而增加蛋白质分子上带电粒子的相互吸引力，致使蛋白分子聚合沉淀；另有机溶剂溶解于水的同时，能从蛋白质周围的水化层中夺走水分子，破坏水化层，从而使蛋白质沉淀析出。
4.凝胶层析
混合物随流动相流经装有凝胶作为固定相的层析柱时，溶液中各物质因分子大小不同而被分离，在洗脱过程中，分子质量z最大的物质因不能进入凝胶网孔而沿凝胶颗粒间的空隙最先流出柱外，分子量最小的物质能进入凝胶网孔而受阻滞，流速缓慢，致使最后流出柱外。凝胶层析是一种快速而简便的分离分析技术，操作条件比较温和，可在相当广的温度范围下进行，不需要有机溶剂，并且对分离成分理化性质的保持有独到之处，对于高分子物质有很好的分离效果。因此被生物化学、分子生物学、生物工程以及医药学等领域广泛应用。陈宁等利用Sephadex G-25凝胶层析柱和反相柱对核桃蛋白酶解物，获得抗氧化能力最z强的多肽序列Ala-Gly-Gly-Ala。张志强等，采用硫酸钠盐析法与凝胶层析法对卵黄进一步纯化，得到纯度为97%的IgY。
5.亲和层析
蛋白混合液通过层析柱时，与吸附剂具有亲和能力的蛋白质被吸附而滞留在层析柱中，没有亲和力的蛋白质不被吸附，直接流出，从而与被分离的蛋白质分开，然后选用适当的洗脱液，改变结合条件将被结合的蛋白质洗脱下来，从而达到分离提纯的目的，这种分离纯化蛋白质的方法称为亲和层析。
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