蛋白质样品的制备，是蛋白质研究的第一步，不论后续采用何种分离或鉴定手段，样品制备都是重要步骤。
蛋白质样品制备的意义
生物的蛋白质种类多达 10 万种以上，样品中的蛋白质种类也可达到1万种以上，但大部分蛋白质的拷贝数很少，因此通过样品制备起到浓缩蛋白质的作用。
去除样品中各种非蛋白质的影响。
如何进行蛋白质的制备
蛋白样品制备包括蛋白质的分离，提取和纯化。从各类研究角度而言，样品制备都要尽可能获得所有样品中的蛋白质，但是由于蛋白质种类多，丰度不一，物化特性多样等因素，要到达真正的*蛋白质制备是非常困难的。
在制备中丢失的蛋白是永远不可能在后面试验中弥补回来的！
样品制备的原则:
尽可能采用简单的方法进行样品的制备。
尽可能提高样品的溶解度，使所有待分析的蛋白质样品全部处于溶解状态，且稳定可重复。
尽可能减少蛋白的降解。
根据下游实验选择决定提取蛋白的方法，例如提取变性还是活性蛋白，提取总蛋白还是亚细胞结构组分蛋白。
尽量去除干扰下游应用的杂质，包括但不仅限于核酸，组织碎片，或某些高丰度无关蛋白。
样品制备的基本流程：
样品的破碎
样品的裂解
杂质的去除及蛋白质溶液的获取
样品的破碎
为了*分析细胞内蛋白，样品必须经过有效的破碎，破碎方法的选择依赖于样品来源不同（如组织，固定组织，难研磨组织，脂肪，菌体）而不同，同时也依赖于提取蛋白的类型（如是获取总蛋白还是特殊的亚细胞结构组分）。
通常组织样品和微生物样品都需要进行破碎处理，而细胞样品不需要。破碎可以通过渗透，冻融，酶解，超声，高压，液氮研磨，机械匀浆，玻璃珠匀浆等方式完成。选择破碎方式时也要考虑使用的裂解液配方是否可以完/美的配合，以得到最佳的提取效果。提取总蛋白时需要尽量的破碎样品释放蛋白，而特殊的亚细胞结构分离则需要根据提取方法采用合适的破碎方式。
提示：内源性的蛋白酶通常存在于细胞质内，在细胞破碎时可能会释放出来，导致某些蛋白质的降解，从而影响下游实验结果，因此可在细胞裂解前添加蛋白酶抑制剂加以保护。
